ในการจัดทำระบบการประกันคุณภาพการศึกษา และการประกันคุณภาพการปฏิบัติงาน มหาวิทยาลัยขอนแก่นนี้ขึ้น มีวัตถุประสงค์สำคัญ 5 ประการ
1. เพื่อวิเคราะห์และประเมินจุดอ่อน จุดแข็งของมหาวิทยาลัย
2. เพื่อแก้ไขและปรับปรุงจุดอ่อนของมหาวิทยาลัยได้อย่างเป็นระบบ
3. เพื่อรักษาและเสริมสร้างจุดแข็งของมหาวิทยาลัย
4. เพื่อให้สามารถริเริ่ม สร้างสรรค์นวัตกรรมใหม่ เพื่อนำมหาวิทยาลัยไปสู่ความเป็นเลิศ ทางวิชาการ
5. เพื่อให้การบริหารงบประมาณมีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้น